En 1861 Japón se ha visto forzado a abrir las puertas a Occidente, con el consecuente choque entre ambas culturas. En el puerto de Edo se reúnen barzos extranjeros en busca de oportunidades en esas tierras; uno de ellos transporta a un grupo de americanos cuyo objetivo es llevar la palabra de Dios al pueblo nipón. Para dos de estos misioneros, sin embargo, el viaje supone algo más: la joven Emily Gibson desea dejar atrás un pasado incómodo e iniciar una nueva vida; Matthew Stark tiene algo que ocultar bajo su pacífica apariencia. El destino de ambos se cruza con el de Genji, un joven samurái heredero del clan Akaoka. Su amistad con los foráneos despierta el recelo de otros clanes, que declararán la guerra abierta a Genji. Ayudado por sus dos nuevos amigos y su amante, la geisha Heiko, éste defenderá su posición sorteando intrigas y traiciones.
