Konoha ha quedat completament devastada i Naruto, en arribar-hi, es veu consumit per la ràbia i l'odi. Tanmateix, amb la voluntat del seu mestre al cor, es disposa a lluitar contra Pain. Mentre la Vila Oculta de la Fulla intenta recuperar-se d'una destrucció sense precedents, Naruto haurà d'enfrontar-se no només a un enemic d'un poder aclaparador, sinó també als seus propis sentiments. El destí de Konoha està en joc en una batalla decisiva que posarà a prova les seves conviccions, la seva força i el llegat que li van deixar aquells que van creure en ell.
